塔里木大学兽医学专业始建于 1958 年，到 1978 年开始培养动物医学本科学生，经过 60 余年的发展，该学科已经建立起了良好的教学、科学研究平台，2015 年被列为塔里木大学优势建设学科，2017 年列为新疆维吾尔自治区重点建设（扶持）学科，目前学科拥有国家级动物医学实验教学中心、塔里木畜牧科技兵团重点实验室、新疆生产建设兵团塔里木动物疫病诊断与防控工程实验室等教学、科研平台。根据学校所处的地理环境特点和南疆畜牧业生产的发展趋势，结合我校的兽医学科的实际情况，确定了两个特色明显的二级学科：预防兽医学、临床兽医学。兽医学是我校的优势特色学科，学科方向明确，地域特色突出，在兽医学科二级学科下的4个方向的研究中，逐渐形成了特色鲜明的学科队伍，取得了丰硕的成果，创建和发展并成为在国内独具特色的研究方向。

预防兽医学主要在南疆重要动物疫病流行病学、病原生物学和综合防控等领域开展研究。重点研究人兽共患寄生虫和畜禽消化道寄生虫遗传进化，明确塔里木盆地畜禽常见肠道寄生虫感染状况、优势虫种和区域性遗传分布特征；揭示隐孢子虫、十二指肠贾第虫和毕氏肠微子虫等的区域性遗传进化特征和人兽共患风险。研究羊痘病毒 ANK 和 KLP 基因家族生物学功能与特性，初步揭示其跨物种感染分子机制，为降低人畜感染风险提供实验依据。

临床兽医学主要在南疆畜禽常见的、多发的普通病发病机制及防治领域开展研究。对盐穗木等新疆特色植物抗菌作用机理和临床药效进行深入研究，揭示盐穗木活性成分破坏细菌细胞壁和细胞膜完整性的机制，并开发产品；开展小动物疾病 X 射线、超声影像诊断技术和影像学研究。研究新疆地方品种羊生殖生理调控及生殖系统损伤修复机制，确定多浪羊常年发情调控主效基因，为新疆地方品种羊内科和产科疾病防控奠定基础。

动物性食品安全与兽医公共卫生学主要在动物源性食品安全与风险因素控制方面开展研究。重点研究南疆重要食源性病原微生物分子流行病学和乳制品中优良乳酸菌分离鉴定与利用，阐明乳源葡萄球菌、链球菌种内分子分型及其与耐药性关系，确定优势分子分型，发现多种新序列型。开展异常乳中病原菌分离鉴定与生物学特征研究，确定芽孢杆菌为导致乳变质的主要原因，为提高包装乳质量提供依据。研究新疆不同生态环境优良乳酸菌抗菌活性，为活性菌株开发利用提供保障。